Junto a la documentación de origen municipal y los protocolos notariales, los fondos de la Iglesia (parroquias y colegiata) e Índice de otorgantes judiciales, han conformado, durante estos últimos años, el grueso de la documentación depositada y custodiada en el Archivo, mientras que éste estuvo en las dependencias del Palacio de Nájera (Museo Municipal). Tras su traslado al Pósito, se han incorporado fondos provenientes de particulares y de cofradías y hermandades antequeranas, así como de empresas y profesionales de la ciudad.
Concretamente en 1989, se inició una profunda remodelación de toda la masa documental del Archivo, hasta ahora dispersa por diversos edificios y dependencias municipales y privadas, planificándose una serie de actuaciones muy ambiciosas encaminadas a la recuperación y salvaguardia de las distintas colecciones documentales existentes en la ciudad.

En la actualidad, el Archivo Histórico cuenta con algo más de 50.000 unidades de instalación entre legajos y libros, sin contabilizar, otros formatos como el microfilm más 2.000 rollos, CD y DVD, como soporte de digitalizaciones, miles de fotografías tanto en original en soporte de cristal, y otros materiales como copias de estas, además de una interesante colección de película, vinculadas con la actividad social y cultura de la ciudad. El arco cronológico se reparte entre los años 1410 y 2010. En su conjunto las unidades de instalación, distribuidas a lo largo de más de 4.500 metros lineales de estanterías, en los que se reparten los doce grandes fondos en los que actualmente se encuentra distribuida la documentación.
Estos doce fondos agrupan en total de más de 32 archivos de distintas instituciones antequeranas.
En la actualidad se está procediendo a informatizar y digitalizar toda esta masa documental, para facilitar perfectamente su accesibilidad y consulta.

• FONDO MUNICIPAL
• FONDO DE PROTOCOLOS NOTARIALES
• FONDO PARROQUIAL
• FONDO DE HERMANDADES Y COFRADÍAS
• FONDO JUDICIAL
• FONDO DE ARCHIVOS FAMILIARES
• FONDO REAL COLEGIATA
• FONDO HEMEROTECA
• FONDO VIDEOTECA Y FILMOTECA
• FONDO FOTOGRÁFICO
• FONDO ARCHIVOS DE EMPRESAS
• FONDO DE LA CÁMARA AGRARIA